由于湿基质含水率可达70%~80%，有机肥生产设备，如果水分得不到控制，会导致堆肥温度降低和操作无效。
通常，有机物料的水分含量越高，就需要越大的空间以保证充分通风。粪便、污泥均属不易碎的物料，污泥有机肥生产设备，且缺少多孔结构，另外具有可塑性，物料自动也会使料堆变得更加紧实，这样孔隙体积会变得更少，使得堆肥十分困难。
（1）堆肥可以完全破坏专性寄生的病原体，小型有机肥生产设备，也可以把指示细菌和非专性寄生细菌病原体减少到很低的水平
（2）维持多种微生物的种群可以抑制非专性寄生细菌病原体的再生。如果堆肥的温度接近周围的温度，微生物种群就会增加。
（3）所有的物质应该暴露在失活的时间/温度条件下，有机肥生产设备，这一点很重要。保证所有的物质都能在失活的条件，可以获得高概率的病原体破坏。
（4）为了保证病原体在统计学上的高破坏概率，要进行质量控制。
（5）全程监控堆肥系统或者应用堆肥反应器都可以使病原体的破坏概率提高，尤其适用于低温和潮湿地区。
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