堆肥生产中，如果仅仅通过感官或经验来判断原材料搭配是否合理、水分调节是否适宜，往往偏差较大，特别是当原料或工艺发生变化时，蛋鸡自动笼养设备，差异会更大，这也是造成产品质量不稳定的重要原因。要优化堆肥条件和配方，必须按照原料理化参数，通过科学的计算来确定。
堆肥配方的形成就是对C/N和水分的平衡过程，目的是使他们均处于合理的范围内。
通常一个指标先调整合适后，全自动肉鸡笼养设备，堆肥的配方就可基本确定下来，笼养设备，若需要进一步调整比例，笼养设备，则一般要在不明显影响一个指标的情形下对第二个指标进行优化。
堆肥过程中主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主题。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废物里面原有的大量微生物；二是人工加入的微生物接种剂，这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
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