热力学是一个涉及能量和其转化的学科，其原理也广泛用于堆肥系统的分析。
热力学第二定律则提出了热量的散失方向，即对于所有独立系统来讲，其熵的变化总是相这无序增加的状态进行。堆肥过程中是中伴随着热量的损失，热量一旦损失，就不可逆转，必须靠微生物进一步利用有机碳源来获得能量。
餐厨垃圾的含水率高达90%，发酵过程中糊状垃圾易将整个堆垛全部空间填死，堆肥工艺，空气无法进入内部，垃圾堆肥工艺，致使微生物处于厌氧状态，使降解速度减慢，并产生硫化氢等臭气，同时使堆肥温度下降，垃圾堆肥工艺设备，影响堆肥质量。餐厨堆肥系统升温快，堆肥周期短，堆肥过程中的生物可利用碳短缺，堆肥氮素损失量大，可通过添加适当碳源等措施来减少厨余堆肥的氮素损失。
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