从动物福利及养殖环境的改善角度认为，养殖圈舍内应铺设垫料层，有机肥生产设备，一方面有利于吸附动物排泄物，小型有机肥生产设备，减轻环境污染，鸡粪有机肥生产设备，另一方面也给动物提供了一舒适的地面环境。
许多研究表明，堆肥可用来替代锯末、秸秆粉等在养殖场作为垫料使用。
已经发现良好的堆肥可以在不适用化学药物控制的情况下减轻植物的土传病害。堆肥的这种抑制病害的特点已经开始被广泛地认识很赞赏。
（1）堆肥可以完全破坏专性寄生的病原体，也可以把指示细菌和非专性寄生细菌病原体减少到很低的水平
（2）维持多种微生物的种群可以抑制非专性寄生细菌病原体的再生。如果堆肥的温度接近周围的温度，微生物种群就会增加。
（3）所有的物质应该暴露在失活的时间/温度条件下，这一点很重要。保证所有的物质都能在失活的条件，污泥有机肥生产设备，可以获得高概率的病原体破坏。
（4）为了保证病原体在统计学上的高破坏概率，要进行质量控制。
（5）全程监控堆肥系统或者应用堆肥反应器都可以使病原体的破坏概率提高，尤其适用于低温和潮湿地区。
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