（1）堆肥可以完全破坏专性寄生的病原体，也可以把指示细菌和非专性寄生细菌病原体减少到很低的水平
（2）维持多种微生物的种群可以抑制非专性寄生细菌病原体的再生。如果堆肥的温度接近周围的温度，微生物种群就会增加。
（3）所有的物质应该暴露在失活的时间/温度条件下，发酵设备厂，这一点很重要。保证所有的物质都能在失活的条件，可以获得高概率的病原体破坏。
（4）为了保证病原体在统计学上的高破坏概率，鸡粪发酵设备，要进行质量控制。
（5）全程监控堆肥系统或者应用堆肥反应器都可以使病原体的破坏概率提高，尤其适用于低温和潮湿地区。
污泥分为生污泥和消化污泥，富含氮素并且水分含量很高，需要用高碳素含量的干物料来调节。淤泥和生污泥分解迅速，堆肥发酵设备，消化污泥分解能力中等。生污泥产生臭气的可能性大，消化污泥臭味稍轻。污泥中常含有大量病原微生物，发酵设备，工业污泥的重金属含量较高，使用污泥做堆肥需要采取一些工艺和技术的措施，如采用生活污水处理厂产生的污泥进行堆肥比较合适。
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