生物有机肥与农家肥(传统有机肥)的区别：生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上;农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。生物有机肥无臭;农家肥有恶臭。生物有机肥施用方便，均匀;农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。生物有机肥与生物菌肥的区别：生物有机肥价格便宜，有机肥搅拌设备批发，每吨在1000多元左右;生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放;生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，有机肥搅拌设备哪个牌子的好，因此在应用时要加以注意。
作为化肥的替代品，有机肥搅拌设备，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料——生物有机肥：生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
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