正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，有机肥搅拌设备，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料——生物有机肥：生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
市场上有许多类型的饲料搅拌机，但一般都是一次性搅拌超过1吨的干料搅拌机，体积很大，有机肥搅拌设备型号，需要要使用三相电源，功率在7.5KW以上，一般中小养殖场很难做到；
加上又不能搅拌湿料，有机肥搅拌设备规格，造成想降低养殖成本使用发酵饲料、高营养牧草混入饲喂、农家饲料混合饲喂等不能实现；市场上也有小型的食品搅拌机，有机肥搅拌设备销售，不仅价格高，且不能移动，搅拌量也不大。
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