目前许多城市污水处理厂和垃圾场均在寻找可替代的处理方法。这时对于堆肥厂来说，智能养殖设备，就有了一个机会，即通过堆肥处理非农业废弃物来收取处理费，这种为接受废物获得的费用也称为处置费。
一些市政和工业废弃物事实上可以改善堆肥的原料构成。大部分的粪便需要加入相对干的并且是良好碳源的物料，如落叶、锯末、树皮和刨花抖式很好的这种原料；一些湿原料，如污水处理厂的污泥和食品加工中产生的废物，可以和如稻草一类的干物料混在一起堆肥。
在堆肥地上堆制污泥、垃圾等废弃物可能要进行单独处理，并且必须考虑臭气问题和臭气控制措施、邻居抱怨以及更多环境法规的限制。由于原材料会决定堆肥产品的市场价值以及污染物的浓度，因此对堆肥产品的质量和价值影响就应给以足够考虑。
餐厨垃圾的含水率高达90%，发酵过程中糊状垃圾易将整个堆垛全部空间填死，空气无法进入内部，致使微生物处于厌氧状态，使降解速度减慢，并产生硫化氢等臭气，同时使堆肥温度下降，鸭养殖设备，影响堆肥质量。餐厨堆肥系统升温快，养殖设备，堆肥周期短，堆肥过程中的生物可利用碳短缺，堆肥氮素损失量大，可通过添加适当碳源等措施来减少厨余堆肥的氮素损失。
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