好氧条件下，堆肥物料中的可溶性有机物透过微生物的细胞壁和细胞膜为微生物吸收；固体和胶体有机物质先附着在微生物体外，由微生物分泌胞外酶将其分解为可溶性物质，堆肥设备，再渗入细胞。
同时微生物通过自身的代谢活动，也是一部分有机物被氧化成简单的无机物，并释放能量，使另一部分有机物用于合成微生物自身的细胞物质，滚筒式堆肥设备，提供微生物各种生理活动所需的能量，使机体能进行正常的生长与繁殖。
降温阶段，高温阶段必然造成微生物的死亡和活动减少，有机堆肥设备，自然进入低温阶段。在这一阶段，污泥堆肥设备，嗜温性微生物又开始占据优势，对残余较难分解的有机物作进一步的分解，但微生物活性普遍下降，堆体发热量减少，温度开始下降，有机物趋于稳定化，而氧量大大减少，堆肥进入腐熟或后熟阶段。
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