许多堆肥用的基质携带人类、动植物的病原体，以及令人讨厌的生物如杂草种子，来源于城市污水处理后的污泥，有机肥加工设备，就是典型的携带病原体的基质。在堆肥过程中，有机肥加工设备价格，通过短时间的持续升温，可以有效地控制这些生物的生长。因此，高温堆肥的一个主要优势就是能够使人和动植物病原体以及种子失活。
主要有鸡粪、鸽粪、鹌鹑粪等，这类粪便通常含氮量高，水分适中，并含有较多的钙等其他中量和微量元素，适合与含碳量较高的一些原料如秸秆粉、蘑菇渣、草炭、锯末等配合。通常从养殖场取出时可能有一部分已经腐熟，由于高氮量和郜pH值会导致释放氨造成氮素损失，同时还易产生臭气，有机肥加工设备污泥，可能需要用低pH值的调理剂来降低酸碱度。家禽粪便容易腐熟并且腐熟温度较高，有机肥加工设备，属于热性肥料，使用禽类粪便做原料，发酵分解迅速，并能制成养分较高的肥料，是非常好的堆肥原料。
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