降温阶段，堆肥工艺设计，高温阶段必然造成微生物的死亡和活动减少，自然进入低温阶段。在这一阶段，嗜温性微生物又开始占据优势，对残余较难分解的有机物作进一步的分解，但微生物活性普遍下降，堆体发热量减少，温度开始下降，好氧堆肥工艺，有机物趋于稳定化，而氧量大大减少，堆肥进入腐熟或后熟阶段。
通过堆肥处理可以明显减轻原料的重量、水分和活性，便于后续操作，由于没有臭气和苍蝇问题它可以方便长期储存，随时使用，从而减少了原料堆放导致的径流和氮素损失。
有机废弃物的相当部分还在直接或简单处理后土地利用，虽也有肥料价值，并能起到改善土壤质量的作用，但还不能和堆肥相比。废弃物堆肥后使用具有以下优点：
（1）堆肥可以使废弃物中的氮素转变为更加稳定的有机氮，尽管其中也有部分氮素的损失，但剩余的氮素通常不容易被淋失和挥发掉
（2）初始废弃物碳氮比偏高或偏低，直接施用到土壤后，堆肥工艺，会导致土壤中氮不足或者氮过量，畜禽粪尿好氧堆肥工艺，影响作物生长，相反经过堆肥后碳素比趋于合理，更适合于土地利用
（3）堆肥过程产生的热量可以减少废弃物中杂草中子的数量，减轻了草害的影响
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