堆肥过程中主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主题。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废物里面原有的大量微生物；二是人工加入的微生物接种剂，堆肥工艺，这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，污泥堆肥工艺，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
细胞的死亡很大程度上基于酶的热失活。在适宜的温度下，酶的失活是可逆的，垃圾堆肥工艺设备，但在高温下是不可逆的。热力学的观点表明，在一个很小的温度范围内酶的活性部分将迅速降低。如果没有酶的作用，堆肥工艺，细胞就会石区功能，然后死亡。只有少数几种酶能够经受住长时间的高温。因此，微生物对热失活非常敏感。
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