堆肥生产中，如果仅仅通过感官或经验来判断原材料搭配是否合理、水分调节是否适宜，往往偏差较大，特别是当原料或工艺发生变化时，差异会更大，这也是造成产品质量不稳定的重要原因。要优化堆肥条件和配方，必须按照原料理化参数，通过科学的计算来确定。
堆肥配方的形成就是对C/N和水分的平衡过程，目的是使他们均处于合理的范围内。
通常一个指标先调整合适后，堆肥的配方就可基本确定下来，好氧堆肥工艺，若需要进一步调整比例，则一般要在不明显影响一个指标的情形下对第二个指标进行优化。
畜禽残体大多具有强烈的恶臭，且黏性强。例如内脏中水分约占65%，氧堆肥工艺，氮约为0.5%，堆肥工艺，磷酸为0.35%，钾为0.09%，pH值为6.9，但是部位不同，污泥堆肥工艺，内脏的性状也不大相同。此外，有些内脏不能进行发酵和堆肥化，所以选原料时必须进行分拣。由于死畜禽堆肥不能实现堆肥原料的完全混合，同普通堆肥在条件控制尚有一定的不同。堆肥处理死畜禽的过程中，氧含量不能低于5%，要在10%以上，这样可以很好地维持死畜禽的分解过程。由于死畜禽本身含水量较大，堆肥处理时应适当减少死畜周围填充剂的含水率。畜禽残体一般来说难以利用，容易被认为是难以堆肥的原材料。但实际上，它是使堆肥产品变成附加价值高的有机肥料的贵重原材料。
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